El Consejo de Protección de Derechos de Cuenca es un organismo colegiado de nivel cantonal, integrado paritariamente por representantes del Estado y de la Sociedad Civil, goza de personería jurídica de derecho público y de autonomía orgánica, funcional y presupuestaria.
Fue creado en diciembre de 2014 con la aprobación de la ordenanza del Sistema Cantonal de Protección de Derechos que dicta la transición del Concejo Cantonal de Niñez y Adolescencia a Consejo de Protección de Derechos.