En consideración a la enorme importancia que para el Ecuador representaría una Facultad de Ciencias Naturales, debidamente organizada, el Honorable Consejo Universitario de la Universidad de Guayaquil en Sesión del día 5 de julio de 1969 transformó la Escuela de Ciencias Naturales en lo que hoy es la Facultad de Ciencias Naturales, la misma que comenzó a funcionar como tal a partir del 18 de Agosto de 1969.
Junto con la aprobación de su primer Reglamento Interno, el Consejo Universitario creó el 28 de noviembre de 1972 las Escuelas de:
BIOLOGÍA, GEOLOGÍA( Actualmente Escuela de Ciencias Geológicas y Ambientales) y el INSTITUTO DE INVESTIGACIONES DE RECURSOS NATURALES, adscrito a esta facultad.