El Seminario Mayor «Francisco Xavier de Garaycoa», tiene a su cargo "la preparación del clero de la Arquidiócesis de Guayaquil". Actualmente tiene 75 alumnos, cuenta con 34 profesores y está dirigido por un equipo de formadores de cuatro sacerdotes, que trabajan "a tiempo completo en el seminario" y con "dedicación total a la formación". Varios directores espirituales y confesores prestan también su colaboración espiritual. La formación dura siete años (uno de Propedéutico, dos de Filosofía y cuatro de Teología).